次世代定序

在對抗COVID-19大流行的戰鬥中,科學家們轉向了PacBio定序!!

Image by Miroslava Chrienova from Pixabay

 

PacBio已經開始在全球範圍內與客戶緊密合作,以對抗COVID-19大流行。在商業、學術單位和政府研究團隊的科學家正在使用高度精準的SMRT定序數據來解析個體或整個患者群體中可能存在的SARS-CoV-2病毒變異。這對於開發和優化有效的診斷方法,以及疫苗、治療藥物研發都至關重要。

很多與COVID-19相關的研究工作都使用到了PacBio HiFi定序,因為這是目前唯一一種能夠兼顧長讀長和高準確度的定序技術。此優勢非常適合應用於病毒定序,因為對新型冠狀病毒的定序要求,是需要區分病毒基因內部或整個病毒基因組中僅有的少數單核苷酸變異(single nucleotide variants, SNVs)。

 

LabCorp

LabCorp是美國最大的協力廠商檢測實驗室之一,在本次疫情中積極支持政府部門對COVID-19的回應,並將與PacBio保持密切合作,對大量來自疑似陽性樣本中的SARS-CoV-2病毒進行定序。LabCorp的科研團隊將利用這些資訊來研究不同地區病毒的突變情況,進而闡明病毒的演化,及其對疾病嚴重性和治療結果的影響,而有助於對患者提供更好的治療方案。

Marcia Eisenberg, PhD. Chief Scientific Officer of LabCorp Diagnostics

「我們努力和盡力瞭解新型冠狀病毒的生物學特性,以説明並應對當前的大流行並預知未來發展,PacBio SMRT定序將為我們提供準確與高解析度的病原體基因體全貌。」

 

美國國家過敏和傳染病研究所疫苗研究中心
(Vaccine Research Center at the National Institute of Allergy and Infectious Diseases , NIAID)

NIAID疫苗研究中心的科學家計畫使用Sequel II,研究患者樣本中的病毒族群多樣性和微小變異。這些資訊最終可用於支援有效疫苗和抗體治療的開發設計。

Dr. Anthony Fauci, Director of NIAID

 

加利福尼亞大學聖地牙哥分校
(University of California, San Diego)

科學家正在使用PacBio SMRT定序數據分析SARS-CoV-2樣品。他們將利用Target Sequencing來研究病毒基因組並同時利用shotgun metagenomics研究對 COVID-19感染有反應的人體鼻腔微生物組。

Rob Knight, PhD, Director of the Center for Microbiome Innovation at UC San Diego

「我們預期Sequel II HiFi 定序將使我們更了解SARS-CoV-2病毒與其對人體的感染作用與影響。」

 

德國萊布尼茲協會的Borstel研究中心
(Research Center Borstel of the German Leibniz Association)

在Borstel研究中心中研究肺部疾病的科學家將對SARS-CoV-2樣本和從常規診斷樣本中收集到的其他肺部病原體進行定序,以促進基因組診斷應用並研究其傳播和演化過程。

 

范德比疫苗中心 (Vanderbilt Vaccine Center)

疫苗中心的研究人員已使用PacBio定序技術來研究人體B細胞對SARS-CoV-2病毒的反應,目的是從患者樣品中鑑定治療性或保護性抗體。

 

Jonas Korlach, PhD, Chief Scientific Officer, PacBio.

「PacBio以能夠支援並協助科學家們對抗COVID-19而感到自豪,並相信PacBio SMRT定序的獨特優勢協助更深入研究病毒生物學,並直接支持當下急需的診斷測試、疫苗和抗COVID-19的藥物研發。」

 

更多資訊請至COVID-19 Sequencing Resource Center,查看最新的定序方案、引子資訊和相關文獻。

https://www.pacb.com/research-focus/microbiology/covid-19-sequencing-tools-and-resources/

本篇報導翻譯於PacBio官網文章: In Battle Against COVID-19 Pandemic, Scientists Turn to PacBio Sequencing

https://www.pacb.com/blog/covid19-cases/