RNA定序服務
RNA產品項目 | 是否需 參考序列 |
建議物種 | 定序平台 | 建議規格 | 說明 |
De novo Transcriptome | N | 全物種 | Illumina NovaSeq |
150 PE ≥ 6 Gb output |
Transcript de-novo Assembly、基因表現量分析、基因差異表現、基因功能的差異表現 |
Genome-guide Transcriptome | Y | 需有完整性高的參考序列 | Illumina NovaSeq |
150 PE ≥ 6 Gb output |
Genome-guide Transcript Assembly、基因表現量分析、基因差異表現、基因功能的差異表現 (需有 chromosome 等級以上 reference genome 及基因註解尤佳) |
Iso-Seq | N | 真核生物 | PacBio Sequel I / Sequel II |
≥ 30 Gb | Full-length transcript / isoform survey and discovery |
Differential Gene Expression (DGE) | Y | 模式生物 | Illumina NovaSeq |
150 PE ≥ 20 M reads |
基因表現量分析、基因差異表現、基因功能的差異表現 |
Long non-coding RNA (LncRNA) | Y | 模式生物 | Illumina NovaSeq |
150 PE ≥ 6 Gb output |
Novel lncRNA identification、lncRNA expression profile、function of lncRNA |
Small RNA | N* | 模式生物* | Illumina NextSeq |
75 SE ≥ 10 M reads |
Novel miRNA identification、miRNA expression profile、differentially expressed miRNAs |
The species database of small RNA should be searched at miRbase (http://www.mirbase.org/cgi-bin/browse.pl) |