突然訊號中止

狀況描述

  • 訊號突然中止。
  • 一開始訊號值都不錯,突然波峰降低,訊號值變低且出現雜訊。
  • 特別是在訊號中止之前,template DNA出現G/C rich的序列。

發生的可能原因

訊息中止的區域出現二級結構包含GC Rich、Hairpin structure、siRNA constructs、重複兩個核苷酸序列(如GT、CT)等。這個區域折疊成髮夾結構,使得Taq polymerase無法順利通過這段區域。

解決方式

  • 用二級結構試劑定序。在定序反應時加入解開二級結構的試劑,幫助您解決困難序列的定序。
  • 使用另一端primer定序。